Labirent 3 Son İsyan Thomas arkadaşları ile birlikte Labirent’ten kaçtıktan sonra W.I.C.K.E.D şirketine karşı bir grup kurup onlarla savaşmaya başladı. W.I.C.K.E.D şirketi çocukları trenlerle bölgeye götürmeye çalışırken Thomas ve ekibi treni durdurarak çocukların bir kısmını kurtarıyorlar. Kurtardıkları çocuklara bağışıklık sistemleri nedeni ile kaçırıldığını bildiren ekip Teresa’nın ihaneti ile birlikte W.I.C.K.E.D ile tekrardan karşı karşıya gelerek mücadele etmeye çalışıyorlar. Minho’yu kurtarmayı amaçlayan Thomas, arkadaşları plan yaparak Minho’yu kurtarmak için bir yol aramaya çalışırlar. Bu uğurda aldıkları kararlar yalnızca arkadaşlarının değil, dünyanın da kaderini değiştirecektir. Bu heyecan serüveninde Thomas ve arkadaşları Minho’yu kurtarmak için neler yapacaklar ve Minho’yu kurtarmayı başarabilecekler mi? Thomas ve ekibini hangi maceralar bekliyor?