Bir zamanlar bu dünya tek bir kız tarafından yaratıldı ve yok edildi. Kızın kalbini kurtaranlar, başka bir boyuttan ortaya çıkan, kalbi kızın yarattığı bir canavar olan Hyper Agent Gridman ve lise öğrencisi Yuta Hibiki idi. Lise ikinci sınıfa geçen Yuta, farklı sınıfta olan Rikka'ya itirafta bulunmaya karar verir. Ancak huzurlu günlük yaşamları, bir canavarın aniden ortaya çıkmasıyla alt üst olur. Gridman yeniden Yuta'nın karşısına çıkar ve ona bu dünyanın dengesinin çökmek üzere olduğunu söyler. Sonunda Gridman'ın destekçisi New Century ortaokul öğrencisi kızıl ejderha Dynax ve başka bir dünyanın sakini Yomogi Asanaka ortaya çıkar ve Yuta kendisini olağanüstü bir durumun içinde bulur.